新型コロナウイルス感染症（COVID-19）は、過度の炎症、血液凝固の活性化、血管内皮機能不全などにより、動脈系・静脈系の両方で血栓性疾患を起こしやすくなるとの報告が蓄積されてきました。しかもアンケート調査結果から、血栓症は症状悪化時に多かったが、回復期にもかなりの数が発症していたことが明らかとなりました。したがって、新型コロナウイルスに感染した場合には、OC・LEPを中止する必要があります。回復期にも血栓症が発症していることから、OC・LEPの再開時期は一概に断定できません。ケースバイケースでの対応が必要となります。
なお、新型コロナウイルスワクチンに関しては、接種前後でにOC・LEPの使用を控える必要はないとされています（英国王立産婦人科医協会のFSRH、米国CDC)。